答え

赤ちゃんが、ハイハイし出すと、床材の安全性が大変気になるのは、母親としてもっともです。赤ちゃんの肌は大変デリケートですし、又、ハイハイした手を口に入れたりして、見ていても、床材の安全性は重要です。
特に、合板フローリングは、合成接着剤（ユリア樹脂系）の接着剤が多く使用され、ホルムアルデヒドの放出については、シックハウス対策法が施行され、現在では、F☆☆☆☆（読み方：エフ、フォースター）マークのフォースター建材が使われるようになりましたが、実際の所は本当に安全なのか疑問です。

安全を示しているのではなく、ホルムアルデヒドの発散速度が0.005mg/m3h以下であることを示し、建材の中で最も少ない建材の等級に入ることを示しているだけで安全であることはどこにも記載されていません。
なぜか、このような等級を決めたことで、住宅のセールストークの中で「我が社は、もっとも、等級の高いF☆☆☆☆建材を使っているので安全です。」のようなことが言われてしまって、無知なユーザーが、イコール安全な家や安全な建材と誤解していることが多いのです。

合板フローリングや新建材には、ホルムアルデヒドの処理の問題や、別の問題もあります。
建材からのホルムアルデヒドの発散速度を抑えるために、ホルムアルデヒド吸収剤（ホルムキャッチャー剤）を合板を貼り合わせる為に使用する接着剤に混入させて、一時的に押さえているものが多いのです。
そのため、４～5年経過してから、吸収剤が劣化してきて、ホルムアルデヒドが部屋の中に放散されることになることも多いようです。

さらに、合板の問題は、ホルムアルデヒドだけでなく、農林水産省の『合板の日本農林規格』により、防虫処理を施した床材（合板フローリングの場合）が大半です。
防虫処理には、ホウ素化合物や、フェニトロチオン（有機リン系殺虫剤）、ビフェントリン（ピレストロイド系殺虫剤）、シフェノトリンなどが使われ、ホウ素化合物は単板処理ですが、それ以外は接着剤混入法により防虫処理が行われています。

そのため、今回のような判断は、ご家族はもちろん赤ちゃんにとっても大変良い考えです。
次に、木材の節について、気にされているようですが、節や樹液は樹木が育つ上で必ず必要なものです。節は樹木にとっては太陽の光を受けて光合成を行い、二酸化炭素をはき出したり、吸収したりして樹木が育つ上でなくてなならないものです。
節は、出来れば気になさらずに使用したいものです。

但し、ご質問のように、「死に節」がある場合は、その部分が節の大きさの径だけ穴が開いてしまいますので、「埋め節」処理を行います。
埋め節処理の方法として、①樹脂で埋める方法や②同じ木材の枝の節＋接着剤で埋める方法などがあります。
樹脂で埋める方法は、その部分だけが違和感があり不自然でありあまり採用されないようです。
埋め節がないものというと、基本的には樹齢の高い、大径木の木材から採取した木材になりますので、価格が節有りや埋め節有りのフローリングより価格が高いと言うことです。

価格については、私どものホームページの桧フローリング・塗装品でも表示しているように、上小節の桧フローリングで約1.3倍、無地・無節の桧フローリングで約1.6倍と、節有りの桧フローリングより高価になります。
桧の臭いですが、製品として使用されるフローリングは、製材工場で製材された、ほやほやの時の臭いと異なり、ある程度落ち着いた時の臭いですので、良い効果をもたらすことが多いです。
特に、ヒノキ（桧）に含まれるフィトンチッドの成分は、自律神経を安定させ、脈拍や血圧を低下させ、ストレスの緩和や不眠症にも効果があため、ストレス緩和や、桧の成分や香りが、ダニの繁殖を抑制したりする効果が有り、抗菌効果も期待できます。

私の孫も2008年現在、3才と1才がおりますが、桧無垢フローリング（塗装品）の床暖房の部屋と杉の30㎜の厚床フローリング（塗装品）で、元気で裸足で飛び回っています。
臭いの少ない桧以外の無垢フローリングとしては、国産材の針葉樹では、杉のフローリングや、国産材の広葉樹系では栗無垢フローリングやナラ無垢フローリングをお勧めいたします。
私どもの会でも、国産材の栗材やナラ材使用した無垢フローリングを扱っていますので問い合わせて下さい。
栗材やナラ材又は、広葉樹材のフローリングには、輸入材や中国産のものもありますが、防虫処理や塩素漂白処理されたものもありますので注意が必要です。
ホルムアルデヒド等については、F☆☆☆☆マークがついているのですが、それとは異なる臭いがフローリングもあります。

次に、クロス貼り替え時の安全なクロス用パテとのことですが、化学物質などに過敏な方には、私どもでは、自然素材パテのNP-1（（株）サメジマ）（成分は、無機質硬化材、無機質骨材、珪石、メチルセルロース、でんぷん糊）を使用をお勧めしています。
このパテは、珪藻土を塗るときに、石膏ボードの継ぎ目などの不陸調整に利用しますが、和紙クロスや自然素材クロスを貼るときにも利用できます。